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Análise Genômica

Análise Genômica

Diagnóstico de aberrações genéticas conhecidas por meio de abordagens baseadas em PCR. As abordagens genéticas moleculares são caracterizadas pelo uso de DNA ou RNA e permitem a detecção de marcadores direcionados e análises paralelizadas cada vez mais abrangentes do genoma de diferentes alterações genéticas.

Aplicações

O método mostra uma alta sensibilidade, de modo que remissões, mas também recaídas, podem ser detectadas precocemente por meio de abordagens quantitativas no controle da terapia. Além disso, os marcadores genéticos moleculares geralmente permitem a estratificação de risco ou contribuem para as decisões terapêuticas.

Diagnóstico e tratamento de leucemias

Identificar alterações estruturais e funcionais em genes específicos que estão associados ao desenvolvimento da doença. As análises realizadas por NGS (como o Painel Mieloide) avaliam uma grande quantidade de alterações genéticas associadas com a leucemogênse e são relevantes para a elucidação do prognóstico, análise preditiva e personalização do tratamento.

Diagnósticos complexos

Exames de Análise Genômica FLOW



Transcritos híbridos (RNA)

PCR QUANTITATIVO PARA BCR-ABL (P-210), PCRQT210

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PCR QUANTITATIVO PARA BCR-ABL (P-210), PCRQT210

A quantificação do transcrito p210 do gene de fusão BCR-ABL é recomendado para os pacientes diagnóstico prévio de leucemia com a presença do cromossomo Philadelphia (t9;22) e com os rearranjos gênicos e13a2 (b2a2) ou e14a2 (b3a2), como no caso da leucemia mieloide crônica. 

O teste é realizado por PCR em tempo-real quantitativo1, no qual o número de cópias do BCR-ABL e do controle interno BCR é quantificado com o uso de uma curva padrão (ERM-AD623) e normalizada com o RNA de referência.

A normalização com o RNA de referência permite a conversão do resultado para o Padrão de Referência Internacional (IS) e o resultado é liberado em percentual de BCR-ABL frente ao controle interno.

O valor da % BCR-ABL/BCR, ajustado à IS, é utilizado para definição de resposta molecular (RM) de acordo com a escala de IRIS.2

Na fase de diagnóstico e investigação, recomendamos a realização do exame BCRCOMBO que detecta a presença dos transcritos codificantes das proteínas p210 e p190.

  1. Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program. Leukemia 2003; 17:2318-2357
  2. Cross NC et al. Laboratory recommendations for scoring deep molecular responses following treatment for chronic myeloid leukemia. Leukemia 2015;29(5):999-1003.

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PCR QUALITATIVO PARA BCR-ABL (P-190 / P-210, BCRCOMBO

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PCR QUALITATIVO PARA BCR-ABL (P-190 / P-210, BCRCOMBO

A pesquisa dos transcritos p190 e p210 do gene de fusão BCR-ABL é recomendado para a elucidação diagnóstica de pacientes com suspeita de leucemias com presença do cromossomo philadelphia. As principais aplicações da pesquisa do BCR-ABL são para os casos de leucemia mieloide crônica com os rearranjos gênicos e13a2 (b2a2) ou e14a2 (b3a2), transcrito que codifica a proteína p210, e nos caso de leucemia linfoblástica aguda com a presença do rearranjo e1a2, transcrito que codifica a proteína p190. 

O teste é realizado por PCR em tempo-real qualitativo1, e detecta os principais transcritos associados ao rearranjo BCR-ABL, como os distrito acima. Entretanto, alguns transcritos mais raros de rearranjo BCR-ABL, tais como e1a3, e6a2, e8a2, e13a3 e e14a3 e e19a2 não são pesquisados por nesse exame.

  1. Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program. Leukemia 2003; 17:2318-2357

 

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PCR QUANTITATIVO PARA BCR-ABL (P-190), PCRQT190

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PCR QUANTITATIVO PARA BCR-ABL (P-190), PCRQT190

A quantificação do transcrito p190 do gene de fusão BCR-ABL é recomendado para os pacientes diagnóstico prévio de leucemia com a presença do cromossomo Philadelphia (t9;22) e com o rearranjo gênico e1a2, como no caso da leucemia linfoblástica aguda

O teste é realizado por PCR em tempo-real quantitativo1, no qual o número de cópias do BCR-ABL e do controle interno BCR é quantificado com o uso de uma curva padrão e normalizada com o RNA de referência. A quantificação do transcrito p190 não utiliza conversão para a escala internacional.

Na fase de diagnóstico e investigação, recomendamos a realização do exame BCRCOMBO que detecta a presença dos transcritos codificantes das proteínas p210 e p190.

  1. Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program. Leukemia 2003; 17:2318-2357

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PCR QUALITATIVO PARA PML-RARA, PMLQL

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PCR QUALITATIVO PARA PML-RARA, PMLQL

Os transcritos PML-RARA (com os pontos de quebra bcr1, 2 e 3 do gene PML) são oriundos da translocação t(15;17)(q22;q21) estão presentes em mais de 95% dos casos de leucemia promielocítica aguda (LPA).

A detecção molecular do PML-RARA é fundamental para a definição da estratégia terapêutica dos pacientes com LPA e é realizado por PCR em tempo-real.

Devido à alta sensibilidade do ensaio qualitativo, ele pode ser também utilizado para monitoramento da resposta molecular e para a detecção de doença residual mensurável (DRM).

  1. Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program. Leukemia 2003; 17:2318-2357

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Pesquisa do transcrito KMT2A::AFF1(anterior MLL::AF4), t(4;11)(q21;q23)

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Pesquisa do transcrito KMT2A::AFF1(anterior MLL::AF4), t(4;11)(q21;q23)

A pesquisa do transcrito KMT2A::AFF1, presente em 5% dos casos novos de LLA e em até 60% dos casos de LLA refratárias ao tratamento, é importante como marcador molecular para monitoramento terapêutico e definição de doença residual mensurável (DRM) dos pacientes positivos para a translocação t(4;11).

A pesquisa do transcrito KMT2A::AFF1é realizada por RT-PCR em tempo-real.

Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program.  Leukemia 2003.
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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Pesquisa do transcrito RUNX1::RUNX1T1 – anterior AML1-ETO t(8,21)

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Pesquisa do transcrito RUNX1::RUNX1T1 – anterior AML1-ETO t(8,21)

A pesquisa do transcrito RUNX1::RUNX1T1, presente nas LMAs com a translocação t(8;21)(q22;q22) é importante para a classificação da LMA, para o planejamento terapêutico e para a definição de prognóstico.

A pesquisa de outras mutações nos C-Kit, KRAS e NRAS, presentes aproximadamente 10 a 20% dos casos de LMA com RUNX1-RUNX1T1, podem ser detectadas pelo painel NGS e contribuírem na investigação diagnóstica.

A pesquisa do transcrito RUNX1::RUNX1T1 é realizada por RT-PCR em tempo-real.

Döhner H et al. Diagnosis and Management of AML in Adults: 2022 ELN Recommendations from an International Expert Panel. Blood 2022;
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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Pesquisa do transcrito CBFB::MHY11 – t(16;16) (p13.1q22); INV(16) (p13.1q22)

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Pesquisa do transcrito CBFB::MHY11 – t(16;16) (p13.1q22); INV(16) (p13.1q22)

A pesquisa do transcrito CBFB::MHY11, presente nas LMAs com a translocação t(16;16)ou INV (16) é importante para a classificação da LMA, para o planejamento terapêutico e para a definição de prognóstico.

A pesquisa do transcrito CBFB::MHY11 é realizada por RT-PCR em tempo-real.

Döhner H et al. Diagnosis and Management of AML in Adults: 2022 ELN Recommendations from an International Expert Panel. Blood 2022;
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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Pesquisa do transcrito ETV6::RUNX1(anterior TEL-AML1), t(12;21)(p13;q22)

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Pesquisa do transcrito ETV6::RUNX1(anterior TEL-AML1), t(12;21)(p13;q22)

A pesquisa do transcrito ETV6::RUNX1, presente entre 10 a 20% dos casos de LLA infantil, é importante para definição de risco terapêutico, como marcador molecular para monitoramento terapêutico e de definição de doença residual mensurável (DRM) dos pacientes positivos para a translocação t(12;21)

A pesquisa do transcrito ETV6::RUNX1 é realizada por RT-PCR em tempo-real.

Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program.  Leukemia 2003.
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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Pesquisa do transcrito TCF3::PBX1 (anterior E2A-PBX1), t(1;19)(q23;p13)

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Pesquisa do transcrito TCF3::PBX1 (anterior E2A-PBX1), t(1;19)(q23;p13)

 

A pesquisa do transcrito TCF3::PBX1, presente entre 5 a 10% dos casos de LLA, é importante para definição de risco terapêutico, como marcador molecular para monitoramento terapêutico e de definição de doença residual mensurável (DRM) dos pacientes positivos para a translocação t(1;19).

A pesquisa do transcrito TCF3::PBX1 é realizada por RT-PCR em tempo-real.

Gabert J et al. Standardization and quality control studies of ‘real-time’ quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction of fusion gene transcripts for residual disease detection in leukemia – A Europe Against Cancer Program.  Leukemia 2003.
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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Mutações em Hematologia

PESQUISA DA MUTAÇÃO ITD DO GENE FLT3, FLT3

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PESQUISA DA MUTAÇÃO ITD DO GENE FLT3, FLT3

 

O gene FLT3 codifica um receptor tirosina quinase, expresso em células precursoras hematopoéticas.

A pesquisa da presença de mutações do tipo duplicação interna em tandem (ITD), ou a deleção ou inserção do gene, sua deleção, é importante ser realizada no momento da investigação diagnóstica de leucemia mielóide aguda (LMA) e é útil para o planejamento terapêutico e para a definição de prognóstico.

A pesquisa da mutação ITD no gene FLT3 é realizada por PCR e detecção automática por eletroforese capilar, com quantificação semiquantitativa da carga alélica. 

Döhner H et al. Diagnosis and Management of AML in Adults: 2022 ELN Recommendations from an International Expert Panel. Blood 2022;
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO GENE DA NUCLEOFOSMINA-NPM1 

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO GENE DA NUCLEOFOSMINA-NPM1 

A pesquisa da presença da mutação pontual no gene da NPM-1 é importante ser realizada no momento da investigação diagnóstica de leucemia mielóide aguda (LMA)e é útil para o planejamento terapêutico e para a definição de prognóstico.

A identificação da mutação do NPM1 deve ser interpretada em conjunto com a mutação do gene FLT3, CEBPA e dos achados citogenéticos.

A pesquisa da mutação no gene NPM1 é realizada por PCR em tempo-real.

Döhner H et al. Diagnosis and Management of AML in Adults: 2022 ELN Recommendations from an International Expert Panel. Blood 2022;
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO GENE CEBPA

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO GENE CEBPA

 

A pesquisa de mutações no gene do CEBPA é importante ser realizada no momento da investigação diagnóstica de leucemia mielóide aguda (LMA)e é útil para o planejamento terapêutico e para a definição de prognóstico.

De acordo com as nova diretrizes1, o prognóstico favorável para a mutação do CEBPA se aplica independentemente de ser uma mutação mono- ou bialélica, desde que esteja uma mutação inframe da região bZIP.

A pesquisa da mutação por PCR seguida de sequenciamento.

Döhner H et al. Diagnosis and Management of AML in Adults: 2022 ELN Recommendations from an International Expert Panel. Blood 2022;
Khoury JD et al. The 5th edition of the World Health Organization Classification of Haematolymphoid Tumours: Myeloid and Histiocytic/Dendritic Neoplasms. Leukemia 2022;36(7):1703-1719.

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PESQUISA DA MUTAÇÃO DO GENE JAK2 - V617F, JAK2V617

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PESQUISA DA MUTAÇÃO DO GENE JAK2 - V617F, JAK2V617

 

A pesquisa da mutação V617F na JAK-2 tem um papel importante na classificação e na elucidação diagnóstica das doenças mieloproliferativas crônicas.

A mutação está presente em 96% dos casos de Policitemia vera e em, aproximadamente, 50% dos casos de trombocitemia essencial e de mielofibrose primária.

A pesquisa da mutação é realizado por PCR alelo específico em tempo-real com sonda taqman.

Stein BL et al. Polycythemia Vera: An Appraisal of the Biology and Management 10 Years After the Discovery of JAK2 V617F. J Clin Oncol 2015;33(33):3953-3960.

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO EXON 12 DO GENE JAK2

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO EXON 12 DO GENE JAK2

A pesquisa de mutações no exon 12 do gene JAK2 está indicado para a investigação de pacientes com suspeita de Policitemia Vera que apresentam resultado negativo para a mutação V617F no JAK2.

A pesquisa da mutação é realizado por PCR seguido de sequenciamento do exon 12, e as regiões flanqueadoras, do gene JAK2.

Stein BL et al. Polycythemia Vera: An Appraisal of the Biology and Management 10 Years After the Discovery of JAK2 V617F. J Clin Oncol 2015;33(33):3953-3960.

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PESQUISA DAS MUTAÇÕES W515L E W515L DO GENE MPL

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PESQUISA DAS MUTAÇÕES W515L E W515L DO GENE MPL

 

A pesquisa das mutações W515L e W515K é importante na classificação e na elucidação diagnóstica das doenças mieloproliferativas crônicas, principalmente na suspeita de de trombocitemia essencial e mielofibrose, presente em 5% dos casos, quando a mutação do JAK2 estiver ausente

A pesquisa da mutação é realizado por PCR alelo específico em tempo-real com sonda taqman.

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO EXON 9 DO GENE DA CALRETICULINA

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PESQUISA DE MUTAÇÕES NO EXON 9 DO GENE DA CALRETICULINA

 

A pesquisa de mutações no gene da calreticulina é útil na elucidação do diagnóstico de trombocitemia essencial e de mielofibrose primária e deve, a princípio, ser realizada nos casos em que a mutação V617F no gene JAK-2 e no gene MPL tenham sido pesquisadas.

A pesquisa da mutação é realizado por PCR seguida de eletroforese capilar.

 

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ANÁLISE DE HIPERMUTAÇÃO SOMÁTICA DO IGH

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ANÁLISE DE HIPERMUTAÇÃO SOMÁTICA DO IGH

 

A pesquisa do estado mutacional dos genes VDJ da cadeia pesada das imunoglobulinas é utilizado para a definição de monoclonalidade e discriminação dos casos de leucemia linfocítica crônica (LLC) com IGH mutados daqueles não mutados. 

A análise é realizada com a comparação das sequencias obtidas do paciente com os bancos de dados de clonalidade (IMGT/VQuest e IgBlast). A ausência de hipermutação (>98% de identidade com a sequência germinativa) está associada com pior prognóstico e menor sobrevida global de pacientes com LLC.

 

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PESQUISA DE MUTAÇÕES ASSOCIADAS A HEMOCROMATOSE, C282Y, H63D e S65C

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PESQUISA DE MUTAÇÕES ASSOCIADAS A HEMOCROMATOSE, C282Y, H63D e S65C


As mutações C282Y, H63D e S65C no gene da hemocromatose (HFE) são as mais frequentemente encontradas em indivíduos com hemocromatose hereditária (HE). A HE é caracteriza-se por um distúrbio no metabolismo do ferro o que acarreta o acúmulo do metal e na sintomatologia da hemocromatose.

A pesquisa da mutação é realizada por PCR alelo específico em tempo-real.

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Infertilidade

PESQUISA MOLECULAR DA SÍNDROME X-FRÁGIL

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PESQUISA MOLECULAR DA SÍNDROME X-FRÁGIL

 

O teste tem como objetivo identificar as condições clínicas associadas à expansão do gene FMR1 como a síndrome do X-frágil, síndrome de temor/atalaxia associada ao X-frágil e falência ovariana precoce.

O teste realizado por PCR tem sensibilidade adequada para a detecção de alelos, independente se possuem mais de 200 ou menos de 200 repetições.

Com isso, o teste molecular é mais adequado para a elucidação de diagnósticos do que a pesquisa do sítio frágil por citogenética.

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PESQUISA MOLECULAR DA INFERTILIDADE MASCULINA, DELEÇÃO DO CROMOSSOMO Y

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PESQUISA MOLECULAR DA INFERTILIDADE MASCULINA, DELEÇÃO DO CROMOSSOMO Y

 

O exame analisa, por PCR, 20 loci do braço longo do cromossomo Y, compreendendo as regiões SRY, AZFa, AZFb, AZFc e está indicado indicado como parte da investigação de infertilidade masculina, principalmente quando esta é acompanhada por azoospermia ou oligospermia grave.

Como o teste não detecta mutações de ponto, deleção ou inserção de poucas bases, um resultado normal (ausência de microdeleções) não exclui a possibilidade de anormalidade em algum dos genes envolvidos na formação dos espermatozóides. Nesses casos sugere-se o sequenciamento completo do gene SRY.

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Painéis NGS

PAINEL DE 38 POR NGS PARA NEOPLASIAS MIELÓIDES

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PAINEL DE 38 POR NGS PARA NEOPLASIAS MIELÓIDES


O painel de mutações é uma técnica usada para analisar a presença de mutações genéticas específicas em células de pacientes com neoplasias mieloides, como a leucemia mieloide aguda (LMA) ou a síndrome mielodisplásica (SMD). O painel de mutações pode inclui a análise dos seguintes genes:

ASXL1; ATRX; BCOR; BRAF; CALR; CBL; CEBPA; CSF3R; DNMT3A; ETV6/TEL; EZH2; FLT3; GATA1; GATA2; GNAS; IDH1; IDH2; IKZF1; JAK2; JAK3; KIT; KRAS; MLL; MPL; NPM1; NRAS; PDGFRA; PTPN11; RUNX1; SETB1; SF3B1; SRSF2; STAG2; TET2; TP53; U2AF1; WT1; ZRSR2

Detalhe de cada gene analisado:

ASXL1 éxon 12; ATRX éxons 8 a 10 e 17 a 31; BCOR gene completo; BRAF éxon 15; CALR éxon9; CBL éxons 8 e 9; CEBPA gene completo; CSF3R éxons 14 a 17; DNMT3A gene completo; ETV6/TEL gene completo; EZH2 gene completo; FLT3 éxons 14, 15 e 20; GATA1 éxon 2; GATA2 éxons 2 a 6; GNAS éxons 8 e 9; IDH1 éxons 4; IDH2 éxon 4; IKZF1 gene completo; JAK2 éxons 12 e 14; JAK3 éxon 13; KIT éxons 2, 8 a 11, 13 e 17; KRAS éxons 2 e 3; MLL éxons 5 a 8; MPL éxon 10; NPM1 éxon 12; NRAS éxons 2 e 3; PDGFRA éxons 12, 14 e 18; PTPN11 éxons 3 e 13; RUNX1 gene completo; SETB1 éxon 4; SF3B1 éxons 13 a 16; SRSF2 éxon 1; STAG2 gene complete; TET2 éxons 3 a 11; TP53 éxons 2 a 11; U2AF1 éxons 2 e 6; WT1 éxons 7 e 9; ZRSR2 gene completo.

 

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PAINEL MOLECULAR PARA CÂNCER HEREDITÁRIO EXPANDIDO

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PAINEL MOLECULAR PARA CÂNCER HEREDITÁRIO EXPANDIDO

Sequenciamento completo (NGS sequenciamento de nova geração) de todas as regiões codificantes e regiões flanqueadoras adjacentes aos exons de 101 genes relacionados à Síndromes de Câncer Hereditário: 

ALK, APC (inclui promotor), ATM, ATR, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A (inclui promotor), BRCA1, BRCA2, BRIP1, BUB1B, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN2A, CEBPA, CEP57, CHEK2, CTC1, CTNNA1, DDB2, DICER1, DKC1, EGFR, EGLN1, EPCAM, EXT1, EXT2, FAN1, FH, FLCN, GALNT12, GATA2, GPC3, GREM1 (inclui promotor e enhancer), HOXB13, HRAS, KIF1B, KIT, LZTR1, MAX, MDH2, MEN1, MET, MITF, MLH1 (inclui promotor), MLH3, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NSD1, NTHL1, PALB2, PDGFRA, PHOX2B, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRF1, PRKAR1A, PTCH1, PTCH2, PTEN (inclui promotor), RAD50, RAD51C, RAD51D, RB1, RET, RHBDF2, RNF43, RUNX1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, STK11, SUFU, TERT (inclui promotor), TMEM127, TP53 (inclui promotor), TSC1, TSC2, VHL, WRAP53, WT1 e XRCC2. 

Análise criteriosa em busca de variantes genéticas patogênicas/provavelmente patogênicas. 

Variantes benignas/provavelmente benignas não serão reportadas. 

O Teste inclui análise de Variações no número de cópias (CNV) por NGS.

 

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Transplante de Medula Óssea

Quimerismo Pós-transplante de Medula Óssea (TCPH)

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A pesquisa de Quimerismo Pós-transplante de CPH é aplicado no monitoramento de indivíduos que receberam um transplante de células-tronco hematopoiéticas. Esse procedimento analisa e compara o DNA do paciente antes do transplante com o DNA do doador e do paciente após o transplante. O objetivo é determinar a efetividade da integração das células transplantadas e avaliar os níveis de quimerismo.

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